AT3G53270.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Small nuclear RNA activating complex (SNAPc), subunit SNAP43 protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Small nuclear RNA activating complex (SNAPc), subunit SNAP43 protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Small nuclear RNA activating complex (SNAPc), subunit SNAP43 (InterPro:IPR019188); Has 91 Blast hits to 91 proteins in 32 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 48; Fungi - 0; Plants - 40; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:19750406..19752168 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32456.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 280 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNLSPFKRDI DELIDEFVED DLTTFADMKS VWLSRKFSHI YEASPNSNLA FFMQSLYVHT IGHMVSIDSF SRRLGGLYCL YCLHEIQPFK PKFRIYISLQ 101: ELGKFRDLVV EAKDKGVEIA AAVAKKMLDE NMLIFGAVDE TSATKTIHQL TELQNARVRF AYEKLICDTS INQFIHLDMG KEVDLNSLDK MSIEYAEAKK 201: RAVEGAGEIM EIDDIKHISE EKELMGERME KLKEEWDSQR LYFYEQTKLD GFTTTPKQLT NVEHDEDDGF DELDRLLSQS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)