AT3G52380.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : chloroplast RNA-binding protein 33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
chloroplast RNA-binding protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
chloroplast RNA-binding protein 33 (CP33); FUNCTIONS IN: RNA binding; LOCATED IN: thylakoid, chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chloroplast RNA-binding protein 31B (TAIR:AT5G50250.1); Has 514069 Blast hits to 499112 proteins in 22048 species: Archae - 10752; Bacteria - 302541; Metazoa - 101965; Fungi - 16255; Plants - 33338; Viruses - 35348; Other Eukaryotes - 13870 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:19421619..19422855 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35746.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 329 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSAYCSSAV AVSAAATASS AATFNPLLSS HSNSQLFYRF TPKSFKLVAN CPNPLILHSN IRRHRFFCAA ETEASSADDE IQASVEEEEE VEEEGDEGEE 101: EVEEEKQTTQ ASGEEGRLYV GNLPYTITSS ELSQIFGEAG TVVDVQIVYD KVTDRSRGFG FVTMGSIEEA KEAMQMFNSS QIGGRTVKVN FPEVPRGGEN 201: EVMRTKIRDN NRSYVDSPHK VYAGNLGWNL TSQGLKDAFG DQPGVLGAKV IYERNTGRSR GFGFISFESA ENVQSALATM NGVEVEGRAL RLNLASEREK 301: PTVSPPSVEE GETEEASLES NEVLSNVSA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)