AT3G51830.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.811 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SAC domain-containing protein 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative transmembrane protein G5p (AtG5) mRNA, complete | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SAC domain-containing protein 8 (SAC8); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Synaptojanin, N-terminal (InterPro:IPR002013); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Phosphoinositide phosphatase family protein (TAIR:AT3G51460.1); Has 1752 Blast hits to 1640 proteins in 228 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 573; Fungi - 577; Plants - 291; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 311 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:19220237..19225092 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66467.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 588 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEIAPSTSRF KLYDQFELLE FPDKYVVKPI ESPEEGFSVN RRDGNIKPLD ENASSGSPTR VSTIYGVGGT IRLLAGTYLL VITSREEVGN FLGLPIFRVT 101: AMKFLPCNEA LRFATAQEKK DETYFRTLLQ ALETTPGLYF SYETDLTLNL QRRCKLAEGW NRKPMWKQAD PRYVWNWHLL EDLIECKLDG FIIPILQGSY 201: QVAELKLKNS PAVVSIMSRR CTRRLGTRMW RRGANLEGDA ANFVESEQIV EINGFKFSLL QVRGSIPLLW EQIVDLSYKP RLKINKHEET PKVVQRHFHD 301: LCQRYGEIMA VDLTDQHGDE GALSKAYATE MEKLPDVRYV SFDFHQVCGT TNFDNLGVLY EQIGDEFEKQ GYFLVDADEN ILEEQKGVIR SNCIDCLDRT 401: NVTQSFMGQK SLNLQLQRIG VCDSTECIST FEDDYTKFRT IWAEQGDEVS LQYAGTYALK GDLVRYGKQT MTGAIKDGLS AMSRYYLNNF QDGVRQDALD 501: LISGRYTVGT HSPSQLQPIG SQPSFLPVAS ALLIGGVTVT SFTIHQAGRN TQQYLASALW AGVTAGVVAM IKANGRHLTS RPRLCHLI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)