AT3G50000.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : casein kinase II, alpha chain 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
casein kinase II catalytic subunit alpha | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
casein kinase II, alpha chain 2 (CKA2); FUNCTIONS IN: protein binding, kinase activity; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: casein kinase alpha 1 (TAIR:AT5G67380.1); Has 86321 Blast hits to 85419 proteins in 2558 species: Archae - 72; Bacteria - 9686; Metazoa - 32978; Fungi - 11348; Plants - 15028; Viruses - 319; Other Eukaryotes - 16890 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:18534487..18536743 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47235.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 403 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MHLIFFFSYF LRRYLLLLCA ILILRAPLAH SLIPPLTCVN TGTVESDVTG IRFDRCLDTD SLAKISLSTV MSKARVYTDV NVIRPKDYWD YESLNVQWGE 101: QDDYEVVRKV GRGKYSEVFE GINMNNNEKC IIKILKPVKK KKIRREIKIL QNLCGGPNIV KLLDVVRDQH SKTPSLIFEY VNSTDFKVLY PTLTDYDIRY 201: YIYELLKALD FCHSQGIMHR DVKPHNVMID HELRKLRLID WGLAEFYHPG KEYNVRVASR YFKGPELLVD LQDYDYSLDM WSLGCMFAGM IFRKEPFFYG 301: HDNQDQLVKI AKVLGTDELN AYLNKYQLEL DTQLEALVGR HSRKPWSKFI NADNRHLVSP EAIDYLDKLL RYDHQDRLTA KEAMAHPYFA QVRAAESSRM 401: RTQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)