AT3G49960.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental)  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? What is ASURE? SUBAcon computations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Peroxidase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Peroxidase superfamily protein; FUNCTIONS IN: peroxidase activity, heme binding; INVOLVED IN: response to oxidative stress, oxidation reduction; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Haem peroxidase (InterPro:IPR010255), Plant peroxidase (InterPro:IPR000823), Peroxidases heam-ligand binding site (InterPro:IPR019793), Haem peroxidase, plant/fungal/bacterial (InterPro:IPR002016), Peroxidase, active site (InterPro:IPR019794); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: root hair specific 19 (TAIR:AT5G67400.1); Has 4501 Blast hits to 4474 proteins in 294 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2; Fungi - 165; Plants - 4270; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 64 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:18524313..18525610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35757.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 329 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARFDIVLLI GLCLIISVFP DTTTAQLSRG FYSKTCPNVE QIVRNAVQKK IKKTFVAVPA TLRLFFHDCF VNGCDASVMI QSTPKNKAEK DHPDNISLAG 101: DGFDVVIQAK KALDSNPSCR NKVSCADILT LATRDVVVAA GGPSYEVELG RFDGLVSTAS SVEGNLPGPS DNVDKLNALF TKNKLTQEDM IALSAAHTLG 201: FAHCGKVFKR IHKFNGINSV DPTLNKAYAI ELQKACPKNV DPRIAINMDP VTPKTFDNTY FKNLQQGKGL FTSDQVLFTD GRSRPTVNAW ASNSTAFNRA 301: FVIAMTKLGR VGVKNSSNGN IRRDCGAFN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)