AT3G49690.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : myb domain protein 84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Putative homolog of the Blind gene in tomato. Together with RAX1 and RAX3 belong to the class R2R3 MYB genes; encoded by the Myb-like transcription factor MYB84, regulates axillary meristem formation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
myb domain protein 84 (MYB84); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287), Myb transcription factor (InterPro:IPR015495); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: myb domain protein 68 (TAIR:AT5G65790.1); Has 8670 Blast hits to 8092 proteins in 466 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 690; Fungi - 404; Plants - 5917; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 1656 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:18427941..18429100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35580.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 310 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGRAPCCDKA NVKKGPWSPE EDAKLKSYIE NSGTGGNWIA LPQKIGLKRC GKSCRLRWLN YLRPNIKHGG FSEEEENIIC SLYLTIGSRW SIIAAQLPGR 101: TDNDIKNYWN TRLKKKLINK QRKELQEACM EQQEMMVMMK RQHQQQQIQT SFMMRQDQTM FTWPLHHHNV QVPALFMNQT NSFCDQEDVK PVLIKNMVKI 201: EDQELEKTNP HHHQDSMTNA FDHLSFSQLL LDPNHNHLGS GEGFSMNSIL SANTNSPLLN TSNDNQWFGN FQAETVNLFS GASTSTSADQ STISWEDISS 301: LVYSDSKQFF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)