AT3G48990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AMP-dependent synthetase and ligase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
AMP-dependent synthetase and ligase family protein; FUNCTIONS IN: catalytic activity, AMP binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion; LOCATED IN: apoplast, chloroplast; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: AMP-binding, conserved site (InterPro:IPR020845), AMP-dependent synthetase/ligase (InterPro:IPR000873); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AMP-dependent synthetase and ligase family protein (TAIR:AT4G05160.1); Has 84840 Blast hits to 77127 proteins in 3761 species: Archae - 1146; Bacteria - 54375; Metazoa - 3415; Fungi - 4706; Plants - 2571; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 18626 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:18159031..18161294 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55547.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 514 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSDTLSGLL ENVAKKFPDR RALSVSGKFN LTHARLHDLI ERAASRLVSD AGIKPGDVVA LTFPNTVEFV IMFLAVIRAR ATAAPLNAAY TAEEFEFYLS 101: DSDSKLLLTS KEGNAPAQEA ASKLKISHVT ATLLDAGSDL VLSVADSDSV VDSATELVNH PDDGALFLHT SGTTSRPKGV PLTQLNLASS VKNIKAVYKL 201: TESDSTVIVL PLFHVHGLLA GLLSSLGAGA AVTLPAAGRF SATTFWPDMK KYNATWYTAV PTIHQIILDR HASHPETEYP KLRFIRSCSA SLAPVILSRL 301: EEAFGAPVLE AYAMTEATHL MSSNPLPEEG PHKPGSVGKP VGQEMAILNE KGEIQEPNNK GEVCIRGPNV TKGYKNNPEA NKAGFEFGWF HTGDIGYFDT 401: DGYLHLVGRI KELINRGGEK ISPIEVDAVL LTHPDVSQGV AFGVPDEKYG EEINCAVIPR EGTTVTEEDI KAFCKKNLAA FKVPKRVFIT DNLPKTASGK 501: IQRRIVAQHF LEKP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)