AT3G48350.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.981 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cysteine proteinases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Cysteine proteinases superfamily protein; FUNCTIONS IN: cysteine-type endopeptidase activity, cysteine-type peptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C1A, papain (InterPro:IPR013128), Proteinase inhibitor I29, cathepsin propeptide (InterPro:IPR013201), Peptidase C1A, papain C-terminal (InterPro:IPR000668), Peptidase, cysteine peptidase active site (InterPro:IPR000169); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cysteine proteinases superfamily protein (TAIR:AT3G48340.1); Has 7872 Blast hits to 7811 proteins in 728 species: Archae - 57; Bacteria - 251; Metazoa - 3274; Fungi - 4; Plants - 1942; Viruses - 134; Other Eukaryotes - 2210 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:17905752..17907370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40972.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 364 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKLFFIVLIS FLSLLQASKG FDFDEKELET EENVWKLYER WRGHHSVSRA SHEAIKRFNV FRHNVLHVHR TNKKNKPYKL KINRFADITH HEFRSSYAGS 101: NVKHHRMLRG PKRGSGGFMY ENVTRVPSSV DWREKGAVTE VKNQQDCGSC WAFSTVAAVE GINKIRTNKL VSLSEQELVD CDTEENQGCA GGLMEPAFEF 201: IKNNGGIKTE ETYPYDSSDV QFCRANSIGG ETVTIDGHEH VPENDEEELL KAVAHQPVSV AIDAGSSDFQ LYSEGVFIGE CGTQLNHGVV IVGYGETKNG 301: TKYWIVRNSW GPEWGEGGYV RIERGISENE GRCGIAMEAS YPTKLSSTPS THESVVRDDV KDEL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)