AT3G47470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : light-harvesting chlorophyll-protein complex I subunit A4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a chlorophyll a/b-binding protein that is more similar to the PSI Cab proteins than the PSII cab proteins. The predicted protein is about 20 amino acids shorter than most known Cab proteins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
light-harvesting chlorophyll-protein complex I subunit A4 (LHCA4); FUNCTIONS IN: chlorophyll binding; INVOLVED IN: response to karrikin, photosynthesis; LOCATED IN: in 7 components; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chlorophyll A-B binding protein (InterPro:IPR001344); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: photosystem I light harvesting complex gene 2 (TAIR:AT3G61470.1); Has 2336 Blast hits to 2249 proteins in 223 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 3; Fungi - 0; Plants - 1967; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 366 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:17493622..17494773 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27735.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 251 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATVTTHASA SIFRPCTSKP RFLTGSSGRL NRDLSFTSIG SSAKTSSFKV EAKKGEWLPG LASPDYLTGS LAGDNGFDPL GLAEDPENLK WFVQAELVNG 101: RWAMLGVAGM LLPEVFTKIG IINVPEWYDA GKEQYFASSS TLFVIEFILF HYVEIRRWQD IKNPGSVNQD PIFKQYSLPK GEVGYPGGIF NPLNFAPTQE 201: AKEKELANGR LAMLAFLGFV VQHNVTGKGP FENLLQHLSD PWHNTIVQTF N |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)