AT3G47390.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein that is believed to function as a pyrimidine reductase involved in riboflavin and FAD biosynthesis. phs1 was identified as a photosensitive mutant that shows reduced growth, chloroplast developmental abnormalities, reduced chlorophyll levels, increased oxidative stress, reduced NADPH/NADP+ ratios, reduced photosystem I electron transport, and reduced photosynthetic protein levels under high light conditions. Many of these abnormal phenotypes likely arise from the reduction in the levels of FAD in the phs1 mutant. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PHOTOSENSITIVE 1 (PHS1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Conserved hypothetical protein CHP02464 (InterPro:IPR012816), CMP/dCMP deaminase, zinc-binding (InterPro:IPR002125), Cytidine deaminase-like (InterPro:IPR016193), Riboflavin-specific deaminase, C-terminal (InterPro:IPR011549), Bacterial bifunctional deaminase-reductase, C-terminal (InterPro:IPR002734), Riboflavin biosynthesis protein RibD (InterPro:IPR004794); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein (TAIR:AT4G20960.1); Has 7611 Blast hits to 7611 proteins in 2242 species: Archae - 202; Bacteria - 4931; Metazoa - 21; Fungi - 157; Plants - 91; Viruses - 17; Other Eukaryotes - 2192 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:17462094..17464655 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 65505.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 599 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALSFRISSS SPLICRATLS NGDNSRNYHT TDAAFIRRAA DLSEMSAGLT SPHPNFGCVI ATSSGKVAGE GYLYAQGTKP AEALAVEAAG EFSRGATAYL 101: NMEPGDCHGD HTAVSALVQA GIERVVVGIR HPLQHLRGSA IRELRSHGIE VNVLGEDFES KVLEDARKSC LLVNAPLIHR ACSRVPFSVL KYAMTLDGKI 201: AASSGHAAWI SSKLSRTRVF ELRGGSDAVI VGGNTVRQDD PRLTARHGQG HTPTRIVMTQ SLDLPEKANL WDVSEVSTIV VTQRGARKSF QKLLASKGVE 301: VVEFDMLNPR EVMEYFHLRG YLSILWECGG TLAASAISSS VIHKVVAFVA PKIIGGSKAP SPVGDLGMVE MTQALNLIDV CYEQVGPDML VSGFLQPIPD 401: LLPVIPSEDA TVEIDPSVDP FEPSIIFFYK TWDLYGMWNI TIRYHTTVHV KWYLALSKKH NLLILHPKTL KANKFVGVEN PKAYDCVEKI RTARSPEEAA 501: LIGRSTLRQK PELVRNDWED VKIEVMYKAL KCKFSTYPHL KSMLLSTIGT VLVEASPHDL FWGGGREGEG LNYLGRLLMQ LRSEYLGESS VSAEKTSSA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)