AT3G45810.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.777 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ferric reductase-like transmembrane component family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ferric reductase-like transmembrane component family protein; FUNCTIONS IN: in 8 functions; INVOLVED IN: oxidation reduction; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: male gametophyte, flower, pollen tube, leaf; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ferredoxin reductase-type FAD-binding domain (InterPro:IPR017927), Cytochrome b245, heavy chain (InterPro:IPR000778), EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992), Ferric reductase-like transmembrane component, N-terminal (InterPro:IPR013130), NADPH oxidase Respiratory burst (InterPro:IPR013623), Ferric reductase, NAD binding (InterPro:IPR013121), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), FAD-binding 8 (InterPro:IPR013112), Riboflavin synthase-like beta-barrel (InterPro:IPR017938); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ferric reductase-like transmembrane component family protein (TAIR:AT5G60010.1); Has 1893 Blast hits to 1761 proteins in 285 species: Archae - 4; Bacteria - 168; Metazoa - 708; Fungi - 301; Plants - 526; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 186 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:16832883..16837569 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 102943.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 912 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKNNKKVGTE DSTKWMLESV EIDPKGDSSV KQPESTINSN NPESSGAGGG ILKNVSKNLA VGSIIRSMSV NKWRKSGNLG SPSTRKSGNL GPPLPVSQVK 101: RPGPQRVERT TSSAARGLQS LRFLDRTVTG RERDSWRSIE NRFNQFAVDG RLPKDKFGVC IGMGDTLEFA AKVYEALGRR RQIKTENGID KEQLKLFWED 201: MIKKDLDCRL QIFFDMCDKD GDGKLTEEEV KEVIVLSASA NRLVNLKKNA ASYASLIMEE LDPNEQGYIE MWQLEVLLTG IVSNADSHKV VRKSQQLTRA 301: MIPKRYRTPT SKYVVVTAEL MYEHWKKIWV VTLWLAVNVV LFMWKYEEFT TSPLYNITGR CLCAAKGTAE ILKLNMALIL VPVLRRTLTF LRSTFLNHLI 401: PFDDNINFHK LIAVAIAVIS LLHTALHMLC NYPRLSSCPY NFYSDYAGNL LGAKQPTYLG LMLTPVSVTG VLMIIFMGIS FTLAMHYFRR NIVKLPIPFN 501: RLAGFNSFWY AHHLLVIAYA LLIIHGYILI IEKPWYQKTT WMYVAIPMVL YASERLFSRV QEHNHRVHII KAIVYSGNVL ALYMTKPQGF KYKSGMYMFV 601: KCPDISKFEW HPFSITSAPG DEYLSVHIRA LGDWTSELRN RFAETCEPHQ KSKPSPNDLI RMETRARGAN PHVEESQALF PRIFIKGPYG APAQSYQKFD 701: ILLLIGLGIG ATPFISILKD MLNNLKPGIP KTGQKYEGSV GGESLGGSSV YGGSSVNGGG SVNGGGSVSG GGRKFPQRAY FYWVTREQAS FEWFKGVMDD 801: IAVYDKTNVI EMHNYLTSMY EAGDARSALI AMVQKLQHAK NGVDIVSESR IRTHFARPNW RKVFSELSNK HETSRIGVFY CGSPTLVRPL KSLCQEFSLE 901: SSTRFTFHKE NF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)