AT3G45680.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.741 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Major facilitator superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Major facilitator superfamily protein; FUNCTIONS IN: transporter activity; INVOLVED IN: oligopeptide transport, response to nematode; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 12 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site (InterPro:IPR018456), Oligopeptide transporter (InterPro:IPR000109), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Major facilitator superfamily protein (TAIR:AT3G45710.1); Has 3869 Blast hits to 3768 proteins in 536 species: Archae - 0; Bacteria - 851; Metazoa - 459; Fungi - 223; Plants - 2137; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 199 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:16770995..16772908 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61253.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 558 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASLVSGDKE AQISGDPGSK RGGWITFPFM LATLLGLSVT SFGWVMNLIV FLIEEFNIKS IAAAQISNVA NGCLSMLPVV AAILADSFFG NIPVIAASSF 101: ISLLGIVLLT LIASLDYLRP RPCEAGSVLC TPPSKLHLGI LYTALALVTT GAGGTRFTMA SAGANQYEKP KEQGSFFNWY FLTLYAGAIT GATAIVYIQD 201: NASWKLGFGL CAAANLISFI VFVSGKRYYK HDKPMGSPFT SLIRVVVSAT VKRKAVISCN EEDYHHYGLE KEVKTSAAMP SKSFRFLNRA ALMTKDDLNQ 301: KEGSVNNIWR LCSVQEVEDF KAILRVFPLW LSIIFVSTPM VMQTSLIVLQ ALVTDRGLGP NFKVPAGSLQ VIIIITACIV IIMNNWLVFP MYKKLTHKLL 401: TPLQKVGIGQ VLTILSMALS AVVEAKRLKT VENGHPMSVL WLFPPLVIVG IGEAFQFPAN IELFYGEFPE SLRNTATSLT SVVIGISFYL STALIDLIQR 501: TTAWLPNDIN HGRVDNVYWL LVIGGILNFG YFLVCSWVYK YRNLKDNDQE QDPKDGTM |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)