AT3G44890.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ribosomal protein L9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Plastid ribosomal protein CL9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ribosomal protein L9 (RPL9); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: ribosome, plastid large ribosomal subunit, chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L9 (InterPro:IPR000244), Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast (InterPro:IPR020594), Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal (InterPro:IPR009027), Ribosomal protein L9, N-terminal (InterPro:IPR020070), Ribosomal protein L9, C-terminal (InterPro:IPR020069); Has 7269 Blast hits to 7269 proteins in 2533 species: Archae - 0; Bacteria - 5393; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 78; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1796 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:16386505..16387963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22135.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 197 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSTALSLS WSSSPCWSHS FNGGANETLK VSERRFNFEV VSQKKAKKLR KVILKEDVTD LGKQGQLLDV KAGFFRNFLL PTGKAQLMTP LLLKELKMED 101: ERIEAEKQRV KEEAQQLAMV FQTVGAFKVK RKGGKGKLIF GSVTAQDLVD IIKSQLQKDI DKRLVSLPEI RETGEYIAEL KLHPDVTARV KINVFAN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)