AT3G44680.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : histone deacetylase 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Class I RPD3 type protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
histone deacetylase 9 (HDA9); FUNCTIONS IN: histone deacetylase activity; INVOLVED IN: histone deacetylation; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histone deacetylase (InterPro:IPR003084), Histone deacetylase superfamily (InterPro:IPR000286); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: histone deacetylase 1 (TAIR:AT4G38130.1); Has 8723 Blast hits to 8511 proteins in 1453 species: Archae - 219; Bacteria - 3191; Metazoa - 1512; Fungi - 548; Plants - 472; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2781 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:16226769..16229752 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48690.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 426 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRSKDKISYF YDGDVGSVYF GPNHPMKPHR LCMTHHLILA YGLHSKMEVY RPHKAYPIEM AQFHSPDYVE FLQRINPENQ NLFPNEMARY NLGEDCPVFE 101: DLFEFCQLYA GGTIDAARRL NNKLCDIAIN WAGGLHHAKK CDASGFCYIN DLVLGILELL KHHPRVLYID IDVHHGDGVE EAFYFTDRVM TVSFHKFGDK 201: FFPGTGDVKE IGEREGKFYA INVPLKDGID DSSFNRLFRT IISKVVEIYQ PGAIVLQCGA DSLARDRLGC FNLSIDGHAE CVKFVKKFNL PLLVTGGGGY 301: TKENVARCWT VETGILLDTE LPNEIPENDY IKYFAPDFSL KIPGGHIENL NTKSYISSIK VQILENLRYI QHAPSVQMQE VPPDFYIPDF DEDEQNPDVR 401: ADQRSRDKQI QRDDEYFDGD NDNDAS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)