AT3G44540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.755 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : fatty acid reductase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the eight-member gene family encoding alcohol-forming fatty acyl-CoA reductases (FARs) identified in Arabidopsis thaliana. Three of the FARs, FAR1 (At5g22500), FAR4 (At3g44540) and FAR5 (At3g44550), are shown to generate the fatty alcohols found in root, seed coat, and wound-induced leaf tissue. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
fatty acid reductase 4 (FAR4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), Male sterility (InterPro:IPR004262), Male sterility, NAD-binding (InterPro:IPR013120); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: fatty acid reductase 1 (TAIR:AT5G22500.1); Has 1944 Blast hits to 1910 proteins in 300 species: Archae - 2; Bacteria - 305; Metazoa - 993; Fungi - 183; Plants - 285; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 176 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:16124079..16127769 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56221.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 493 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSNCIQFLH DKTILVTGVP GFLAKVFVEK ILRIQPKVKK LFLLLRAADN ESAMQRFHSE VLEKDLFRVL KNALGDENLK AFITEKVVPI PGDISVDNLG 101: VKGSDLLQHM WNEIDIIVNV AATTNFDERY DVGLSVNTFG PLNVLNFAKK CVKGQLLLHV STAYVRGEKS GLLHEKTFHM GETLNGHRKL VIETEMELMK 201: QKLKELQKQN CSEEEISQSM KDLGMSRAKL HGWPNTYVFT KSMGEMLLGN YRENLPIVII RPTMITSTFS EPFPGWIEGL RTIDSVIVAY GKGRLKCFLA 301: DPNSVLDLIP VDMVANAMVT AAAIHAGKLG SQTVYHVGSS CKNPITFEQI HDLAASYFTK NPLVRRDGSS ILVSKGTILS TMAQFSFYMT LRYKLPLQML 401: RLIYVIYPWW NGNKYKDIDR KIKLAMRLVD LYRPYVLFKG IFDDTNTEKL RLKRKEINKE MYGLFEFDPK SIDWEDYMTT IHIPGLITYV LKK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)