AT3G43700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : BTB-POZ and MATH domain 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
BTB-POZ and MATH domain 6 (BPM6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: TRAF-like (InterPro:IPR008974), MATH (InterPro:IPR002083), BTB/POZ fold (InterPro:IPR011333), BTB/POZ (InterPro:IPR013069), Kelch related (InterPro:IPR013089), BTB/POZ-like (InterPro:IPR000210), TRAF-type (InterPro:IPR013322); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: BTB-POZ and MATH domain 5 (TAIR:AT5G21010.1); Has 7239 Blast hits to 7013 proteins in 213 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 5298; Fungi - 161; Plants - 1386; Viruses - 66; Other Eukaryotes - 328 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:15601944..15603499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45750.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 415 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSKLMTRTSG SSSPNTIPDQ IESPTSSRSV TQTTNGSHQF VIQGYSLAKG IGVGKHIASD NFSVGGYQWT IFVYPDGKNP EDNSSYVSVF IVLASECTEV 101: RALFELSLVD QSGKGKHKVH SHFNRSLDGG PYTLKYRGSM WGYKRFFRRS LLETSDYLKD DCLKINCTVG VVVSEMHCPR LLSIHVPDSE LGSHFGKLLD 201: TLQGSDVTFD VAGEKFQAHK LVLAARSQFF RSMFYNTLAE NNSDVVISDL EPKVFKALLH FMYKDSLPGD VEPLTAHSFD LLRPSEIDDT LIVKLLAAAE 301: MYNLSRLRLL CESHICKGIS ISSVSKILAL SDKYNASELK SVSLKFTAEN LAAVLQTKAY EDLKDDCPNL QSELLKAVAG YDDTSSSGGG KSQSVWAQLS 401: NGGETSSRRV RQRTT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)