AT3G43220.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.996 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Phosphoinositide phosphatase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Phosphoinositide phosphatase family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Synaptojanin, N-terminal (InterPro:IPR002013); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Phosphoinositide phosphatase family protein (TAIR:AT5G20840.1); Has 2131 Blast hits to 1660 proteins in 229 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 800; Fungi - 658; Plants - 325; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 348 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:15197123..15202653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 92752.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 818 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSSTDDAGT TTHSLQEFKL FETQSNFYMI GWDGSGVYRV LKIDRLDPSE LNISQDSTHY TKKECYELLK RIHEGNKATG GLKLVTLCYG IIGFVKFLGP 101: YYMLLITERR HIGDLFGHSV YAVSKSEIVA LHNSTVQCNF ANSRDENRYK RLLCMVDLTK DFFFSYSYNV MRSYQKNVCN YETGHNLYEK MFVWNEFLTR 201: GIRHHLRNTL WTVALVYGFF KQASLSESGK DFKITLIARR SRHNAGTRYL KRGVNRNGDV ANDVETEQIV SEDVPEDHPM QISSVVQNRG SIPLFWSQET 301: SRLNLKPDIV LSKKEPNYEA TRLHFDNLVE RYGNPIIILN LIKTKERRPR ESILREEFVN AIDFINKDLP EENRLRFLHW DLHKHFRSKT KNVLALLCKV 401: ATCALMLTDL FYYQVTPAMT IEDSMSLSSS SDADTGDISP HTSSDDDNGD HDSLEKKSSR SKNIAYGKCD VKPPRLQSGV LRTNCIDCLD RTNVAQYAYG 501: WAALGQQLHV LGIRDVPAIE LDDPLAISLM GLYERMGDTL AHQYGGSAAH NKVFSERRGQ WRAATQSQEF LRTLQRYYNN AYMDADKQDA INIFLGTFQP 601: EQGMPAIWEL RSNSLSNGRN GEMNIGKDER FLVKRCLSDG DFLHESCTPL SAMSSNHESM PQKGFSAPLQ HVSHILSESS SDIPVSNDVA LSRCTPSMPR 701: KQLFGDVQKV HRFGSDQVYF GGEEDMSSVS NFVDIEWLSS ENPCENALFD RSSELTRNLT AETSSTENSV NGVGQSAPTI SESGSSSSKG KEPMGTKIRE 801: DFPDSFKEWV AYGEALCH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)