AT3G28200.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Peroxidase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Peroxidase superfamily protein; FUNCTIONS IN: protein binding, peroxidase activity; INVOLVED IN: oxidation reduction, response to oxidative stress; LOCATED IN: plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Haem peroxidase (InterPro:IPR010255), Plant peroxidase (InterPro:IPR000823), Peroxidases heam-ligand binding site (InterPro:IPR019793), Haem peroxidase, plant/fungal/bacterial (InterPro:IPR002016), Peroxidase, active site (InterPro:IPR019794); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Peroxidase superfamily protein (TAIR:AT5G40150.1); Has 4870 Blast hits to 4847 proteins in 335 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 4; Fungi - 481; Plants - 4306; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 75 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:10518082..10519032 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35304.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 316 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASLKSLFLL FLFFFTAQSR LTTNFYSKTC PRFLDIIRDT ITNKQITNPT TAAAVIRLFF HDCFPNGCDA SVLISSTAFN TAERDSSINL SLPGDGFDVI 101: VRAKTALELA CPNTVSCSDI ISVATRDLLI TVGGPYYDVF LGRRDSRTSK SSLLTDLLPL PSTPISKIIQ QFESKGFTVQ EMVALSGAHS IGFSHCKEFV 201: GRVGRNNTGY NPRFAVALKK ACANYPKDPT ISVFNDIMTP NKFDNMYYQN LKKGLGLLES DHGLYSDPRT RYFVDLYAKN QDLFFKDFAK AMQKLSLFGI 301: QTGRRGEIRR RCDAIN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)