AT3G27380.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : succinate dehydrogenase 2-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
One of three isoforms of the iron-sulfur component of the succinate dehydrogenase complex, a component of the mitochondrial respiratory chain complex II. The product of the nuclear encoded gene is imported into the mitochondrion. Expressed during germination and post-germinative growth. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
succinate dehydrogenase 2-1 (SDH2-1); FUNCTIONS IN: electron carrier activity, zinc ion binding, succinate dehydrogenase activity; INVOLVED IN: mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone; LOCATED IN: mitochondrion, succinate dehydrogenase complex; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 17 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ferredoxin (InterPro:IPR001041), Beta-grasp fold, ferredoxin-type (InterPro:IPR012675), Fumarate reductase, C-terminal (InterPro:IPR012285), 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site (InterPro:IPR006058), 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulpur binding domain (InterPro:IPR017896), 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site (InterPro:IPR017900), Alpha-helical ferredoxin (InterPro:IPR009051), Succinate dehydrogenase/fumarate reductase iron-sulphur protein (InterPro:IPR004489); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: succinate dehydrogenase 2-2 (TAIR:AT5G40650.1); Has 8769 Blast hits to 8765 proteins in 2181 species: Archae - 169; Bacteria - 5122; Metazoa - 266; Fungi - 168; Plants - 144; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2900 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:10131209..10132673 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31172.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 279 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASGLIGRLV GTKPSKLATA ARLIPARWTS TGAEAETKAS SGGGRGSNLK TFQIYRWNPD NPGKPELQNY QIDLKDCGPM VLDALIKIKN EMDPSLTFRR 101: SCREGICGSC AMNIDGCNGL ACLTKIQDEA SETTITPLPH MFVIKDLVVD MTNFYNQYKS IEPWLKRKTP ASVPAKEILQ SKKDRAKLDG MYECILCACC 201: STSCPSYWWN PESYLGPAAL LHANRWISDS RDEYTKERLE AIDDEFKLYR CHTILNCARA CPKGLNPGKQ ITHIKQLQR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)