AT3G27220.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Galactose oxidase/kelch, beta-propeller (InterPro:IPR011043), Kelch related (InterPro:IPR013089), Kelch-type beta propeller (InterPro:IPR015915); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein (TAIR:AT1G51540.1); Has 1505 Blast hits to 1317 proteins in 198 species: Archae - 25; Bacteria - 276; Metazoa - 909; Fungi - 25; Plants - 115; Viruses - 52; Other Eukaryotes - 103 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:10051742..10053594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48498.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 426 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANKPDHHHH HHQSSRRLML VLYFTSVLGI GFIAAFLCLS SSIPSVSAVF SIWVPVNRPE IQIPIIDSKI VQKRSKQSND TKDHVRFLSA IFADIPAPEL 101: KWEEMESAPV PRLDGYSVQI NNLLYVFSGY GSLDYVHSHV DVFNFTDNKW CDRFHTPKEM ANSHLGIVTD GRYVYVVSGQ LGPQCRGPTS RSFVLDSFTK 201: TWLEFPSLPA PRYAPATQIW RGRLHVMGGS KENRNAVAFD HWSIAVKDGK ALDEWREEVP IPRGGPHRAC VVANDKLLVI GGQEGDFMAK PNSPIFKCSR 301: RREIFNGEVY MMDEEMKWKM LPPMPKNNSH IESAWIIVNN SIVIVGGTTD WHPVTKRLVL VGEIFRFQLD TLTWSVIGRL PYRVKTAMAG FWNGYLYFTS 401: GQRDRGPDNP QPGKVIGEMW RTKLKF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)