AT3G26680.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA repair metallo-beta-lactamase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
involved in a SNM-dependent recombinational repair process of oxidatively induced DNA damage. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SENSITIVE TO NITROGEN MUSTARD 1 (SNM1); FUNCTIONS IN: hydrolase activity; INVOLVED IN: DNA repair, response to stress; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Beta-lactamase-like (InterPro:IPR001279), DNA repair metallo-beta-lactamase (InterPro:IPR011084); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: sterile alpha motif (SAM) domain-containing protein (TAIR:AT2G45700.1); Has 1210 Blast hits to 1152 proteins in 342 species: Archae - 175; Bacteria - 149; Metazoa - 283; Fungi - 254; Plants - 166; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 183 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:9801309..9803517 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55164.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 484 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDFSDEDDDE NCFGSRFNDG VNEEEEDEEG FVFNDDVEEN EEEEGFASDF YKAGSDWSCL VEDEETVSSS VKKMKQSNLF QIWGLQENSP DTTKKMKQTD 101: LFQSWGLQKP SPFTSPASNS AKKTTSALGK RRRDSSFSND SPRPCPFYKK LPGTPFTVDA FRYGCVQGCS AYFLTHFHAD HYIGLTKAWS HGPIYCSSLT 201: SRLLRLSLSV NPSSIHPLEL DVEYTINGIK VTLIEANHCP GAALIHFRLL DGTCYLHTGD FRASKQMQTH PLLFNQRVHV LYLDTTYCNP RYKFPSKEDV 301: LSYVVRITKD FLRKQPKTLI VVGSYSIGKE CVYLAIAKAL GVKIFANASR RRILQSFGWD DISKNLSTDG KATCLHVLPM SSLKVERLDE HLKIYREQYG 401: AVLAFRPTGW TYSEKIGEHL DLIKPTSRGK ITIYGVPYSE HSSFTELREF VQFLRPDKII PTVNNGNAGT REKMQSCFRE WLRR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)