AT3G26650.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase A subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of the two subunits forming the photosynthetic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) and as such a constituent of the supramolecular complex with phosphoribulokinase (PRK) thought to be linked by a small peptide encoded by CP12-2. GapA-1 is coordinately expressed by light with PRK and CP12-2. The enzyme activity, tested in leaf protein extracts dropped significantly after external sucrose treatment for the photosynthetic GAPDH (NADPH-dependent) but not for the cytosolic GAPDH (NADH-dependent). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase A subunit (GAPA); FUNCTIONS IN: protein binding, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase activity; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase subfamily (InterPro:IPR000173), Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase family (InterPro:IPR020831), Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I (InterPro:IPR006424), Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site (InterPro:IPR020830), Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain (InterPro:IPR020829), Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain, subgroup (InterPro:IPR020832), Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain (InterPro:IPR020828); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase A subunit 2 (TAIR:AT1G12900.1); Has 24893 Blast hits to 24884 proteins in 6192 species: Archae - 47; Bacteria - 10870; Metazoa - 2226; Fungi - 2780; Plants - 3758; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5212 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:9795226..9796848 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42491.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 396 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASVTFSVPK GFTEFSGLRS SSASLPFGKK LSSDEFVSIV SFQTSAMGSS GGYRKGVTEA KLKVAINGFG RIGRNFLRCW HGRKDSPLDI IAINDTGGVK 101: QASHLLKYDS TLGIFDADVK PSGETAISVD GKIIQVVSNR NPSLLPWKEL GIDIVIEGTG VFVDREGAGK HIEAGAKKVI ITAPGKGDIP TYVVGVNADA 201: YSHDEPIISN ASCTTNCLAP FVKVLDQKFG IIKGTMTTTH SYTGDQRLLD ASHRDLRRAR AAALNIVPTS TGAAKAVALV LPNLKGKLNG IALRVPTPNV 301: SVVDLVVQVS KKTFAEEVNA AFRDSAEKEL KGILDVCDEP LVSVDFRCSD FSTTIDSSLT MVMGDDMVKV IAWYDNEWGY SQRVVDLADI VANNWK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)