AT3G25900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.609 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Homocysteine S-methyltransferase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
HMT-1; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Homocysteine S-methyltransferase (InterPro:IPR003726); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homocysteine S-methyltransferase 3 (TAIR:AT3G22740.1); Has 6959 Blast hits to 6951 proteins in 1900 species: Archae - 4; Bacteria - 4284; Metazoa - 376; Fungi - 135; Plants - 163; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1997 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:9480964..9482684 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35982.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 326 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVLEKKSALL EDLIKKCGGC AVVDGGFATQ LEIHGAAIND PLWSAVSLIK NPELIKRVHM EYLEAGADIV VTSSYQATIP GFLSRGLSIE ESESLLQKSV 101: ELAVEARDRF WEKVSKVSGH SYNRALVAAS IGSYGAYLAD GSEYSGHYGE NVSLDKLKDF HRRRLQVLVE AGPDLLAFET IPNKLEAQAC VELLEEEKVQ 201: IPAWICFTSV DGEKAPSGES FEECLEPLNK SNNIYAVGIN CAPPQFIENL IRKFAKLTKK AIVVYPNSGE VWDGKAKQWL PSQCFGDDEF EMFATKWRDL 301: GAKLIGGCCR TTPSTINAIS RDLKRR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)