AT3G25290.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Auxin-responsive family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Auxin-responsive family protein; INVOLVED IN: multicellular organismal development; LOCATED IN: plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytochrome b561, eukaryote (InterPro:IPR004877), Uncharacterised conserved protein UCP037471 (InterPro:IPR017214), Protein of unknown function DUF568, DOMON-like (InterPro:IPR007613), DOMON related (InterPro:IPR005018), Cytochrome b561/ferric reductase transmembrane (InterPro:IPR006593); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Auxin-responsive family protein (TAIR:AT4G12980.1); Has 645 Blast hits to 645 proteins in 99 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 61; Fungi - 90; Plants - 468; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 20 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:9208955..9210353 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42561.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 393 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSSSSVRIS LSFIFLALLI SPAVSQTCKS QTFSGDKTYP HCLDLPQLKA FLHYSYDASN TTLAVVFSAP PAKPGGWIAW AINPKATGMV GSQTLVAYKD 101: PGNGVAVVKT LNISSYSSLI PSKLAFDVWD MKAEEAARDG GSLRIFARVK VPADLVAKGK VNQVWQVGPE LGPGGMIGRH AFDSANLASM SSLDLKGDNS 201: GGTISGGDEV NAKIKNRNIH GILNAVSWGI LFPIGAIIAR YMRVFDSADP AWFYLHVSCQ FSAYVIGVAG WATGLKLGNE SEGIRFSAHR NIGIALFTLA 301: TIQMFAMLLR PKKDHKYRFY WNIYHHGVGY AILTLGIINV FKGLNILKPQ DTYKTAYIAV IAVLGGIALL LEAITWVVVL KRKSNNSMKP LRT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)