AT3G25100.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
7-day old Arabidopsis seedling (no marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cell division cycle 45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Required for normal meiosis, may act in the last round of DNA replication prior to meiosis, sequence similar to yeast CDC45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cell division cycle 45 (CDC45); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: CDC45-like protein (InterPro:IPR003874); Has 1810 Blast hits to 1657 proteins in 252 species: Archae - 0; Bacteria - 25; Metazoa - 666; Fungi - 449; Plants - 176; Viruses - 35; Other Eukaryotes - 459 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:9144292..9146082 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 67554.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 596 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVRIKKVESF YAKLRESATS LSSQNPLLIF PSTSDVDSLC ALKVITHILE SDSIQYSCFP VSSFLEIHKY AGPAGLCSTS LESPPVTILL INWGCHRDLK 101: LVLKLGPSAR VFVVDSHRPI HLHNLSDYNE QVVVLHTDDD ERQGDLAYDF DVLKLANESF QLRVEDAGEE SDEEEEDEEE DEEDDDDDDG DRPSKRRKMG 201: DGVKVFKKLK RDYYKMGTFH GKPSGCLLFE LSHMLRKNTN ELLWLACVSL TDQFVHERLT DERYQAAVME LEQHINSSGN IDKITSVTLK DGTKVRAPDC 301: SRISYEEEPR LMLLREWTLF DSMLCSSYIA TKLKTWSDNG IKKLKLLLAR MGFALIECQQ KFPYMSLEVK RKMKQEFDRF LPEYGLNDFY YRSFLRLHGY 401: SSRVSAADVV YGITALLESF LGSGGSSASK QFGEAYDALS LNNLDKLRSG MQQAIKVQRA ILRQGSAAIT KSGCIRSGRK FRWVKIEDSM DAKYLGYPQA 501: LTKFCYFLMD ALREKGARMK PMLCACASQQ PGKILVVGVC GKPRLGAVRG NAFGNAFRKA AQESRADYFH ELFESSWIVL DASAVNSFMI RLTEKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)