AT3G24800.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : proteolysis 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Contains two ring finger domains and one ZZ domain. Week similarity to yeast Rad18p. Putative component of the N-end rule pathway (ubiquitin-dependent proteolysis). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
proteolysis 1 (PRT1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, ZZ-type (InterPro:IPR000433); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein (TAIR:AT1G18660.1); Has 4154 Blast hits to 3358 proteins in 276 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2882; Fungi - 341; Plants - 509; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 419 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:9055653..9057795 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45939.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 410 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAETMKDITM KNDESQEEEI PDQFLCCVCL ELLYKPIVLS CGHLSCFWCV HKSMNGFRES HCPICRDPYV HFPSVCQKLY FLLKKMYPLA HKKREEQVLK 101: EEQERECFSP QIDLVLDLSV CSGDSLNVSD KQKVEECSNA ANLLSSSSSR GDIPCIPKNQ EPTDAKALNV HENELLKDNK VSKQISKDDL LCSACKELLV 201: RPVVLNCGHV YCEGCVVDMA EESEKIKCQE CNVCDPRGFP KVCLILEQLL EENFPEEYNS RSSKVQKTLA HNSKGNIQSY LKEGPSLSND NNNDDPWLAN 301: PGSNVHFGAG CDSCGVYPII GDRYRCKDCK EEIGYDLCKD CYETPSKVPG RFNQQHTPDH RLELARSPQV LINFNSIGIL LGPVISNEGM DTDEGEEGPP 401: GSSNESSSTE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)