AT3G23940.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : dehydratase family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
dehydratase family; FUNCTIONS IN: copper ion binding, catalytic activity; INVOLVED IN: pollen development; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Dihydroxy-acid dehydratase (InterPro:IPR004404), Dihydroxy-acid/6-phosphogluconate dehydratase, conserved site (InterPro:IPR020558), Dihydroxy-acid/6-phosphogluconate dehydratase (InterPro:IPR000581); Has 13943 Blast hits to 13934 proteins in 2322 species: Archae - 210; Bacteria - 7441; Metazoa - 5; Fungi - 304; Plants - 157; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5826 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:8648780..8652323 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64917.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 608 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQATIFSPRA TLFPCKPLLP SHNVNSRRPS IISCSAQSVT ADPSPPITDT NKLNKYSSRI TEPKSQGGSQ AILHGVGLSD DDLLKPQIGI SSVWYEGNTC 101: NMHLLKLSEA VKEGVENAGM VGFRFNTIGV SDAISMGTRG MCFSLQSRDL IADSIETVMS AQWYDGNISI PGCDKNMPGT IMAMGRLNRP GIMVYGGTIK 201: PGHFQDKTYD IVSAFQSYGE FVSGSISDEQ RKTVLHHSCP GAGACGGMYT ANTMASAIEA MGMSLPYSSS IPAEDPLKLD ECRLAGKYLL ELLKMDLKPR 301: DIITPKSLRN AMVSVMALGG STNAVLHLIA IARSVGLELT LDDFQKVSDA VPFLADLKPS GKYVMEDIHK IGGTPAVLRY LLELGLMDGD CMTVTGQTLA 401: QNLENVPSLT EGQEIIRPLS NPIKETGHIQ ILRGDLAPDG SVAKITGKEG LYFSGPALVF EGEESMLAAI SADPMSFKGT VVVIRGEGPK GGPGMPEMLT 501: PTSAIMGAGL GKECALLTDG RFSGGSHGFV VGHICPEAQE GGPIGLIKNG DIITIDIGKK RIDTQVSPEE MNDRRKKWTA PAYKVNRGVL YKYIKNVQSA 601: SDGCVTDE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)