AT3G23890.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : topoisomerase II | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a topoisomerase II that is highly expressed in young seedlings. The protein is localized in the nucleus and gene expression levels are increased in proliferative tissues. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
topoisomerase II (TOPII); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA topoisomerase, type IIA, subunit A/C-terminal (InterPro:IPR002205), DNA topoisomerase, type IIA, conserved site (InterPro:IPR018522), DNA topoisomerase, type IIA, subunit A/ C-terminal, alpha-beta (InterPro:IPR013758), DNA topoisomerase, type IIA, subunit A, alpha-helical (InterPro:IPR013757), DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 (InterPro:IPR013506), ATPase-like, ATP-binding domain (InterPro:IPR003594), DNA topoisomerase, type IIA, subunit B/N-terminal, alpha-beta (InterPro:IPR013759), DNA topoisomerase, type IIA, subunit B/N-terminal (InterPro:IPR001241), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR020568), DNA topoisomerase II, eukaryotic-type (InterPro:IPR001154), DNA topoisomerase, type IIA, central (InterPro:IPR013760); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNA GYRASE B2 (TAIR:AT5G04130.1); Has 46226 Blast hits to 43639 proteins in 5982 species: Archae - 169; Bacteria - 28615; Metazoa - 2871; Fungi - 1392; Plants - 616; Viruses - 201; Other Eukaryotes - 12362 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:8624931..8631106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 164116.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1473 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MATKLPLQNS NAANVAKAPA KSRAAAGGKT IEEMYQKKSQ LEHILLRPDT YIGSIEKHTQ TLWVYEKDEM VQRPVTYVPG LYKIFDEILV NAADNKQRDA 0101: KMDSVQVVID VEQNLISVCN SGAGVPVEIH QEEGIYVPEM IFGHLLTSSN YDDNVKKTTG GRNGYGAKLT NIFSTEFIIE TADGKRLKKY KQVFENNMGK 0201: KSEPVITKCN KSENWTKVTF KPDLKKFNMT ELEDDVVALM SKRVFDIAGC LGKSVKVELN GKQIPVKSFT DYVDLYLSAA NKSRTEDPLP RLTEKVNDRW 0301: EVCVSLSEGQ FQQVSFVNSI ATIKGGTHVD YVTSQITNHI VAAVNKKNKN ANVKAHNVKN HLWVFVNALI DNPAFDSQTK ETLTLRQSSF GSKCELSEDF 0401: LKKVGKSGVV ENLLSWADFK QNKDLKKSDG AKTGRVLVEK LDDAAEAGGK NSRLCTLILT EGDSAKSLAL AGRSVLGNNY CGVFPLRGKL LNVREASTTQ 0501: ITNNKEIENL KKILGLKQNM KYENVNSLRY GQMMIMTDQD HDGSHIKGLL INFIHSFWPS LLQVPSFLVE FITPIVKATR KGTKKVLSFY SMPEYEEWKE 0601: SLKGNATGWD IKYYKGLGTS TAEEGKEYFS NLGLHKKDFV WEDEQDGEAI ELAFSKKKIE ARKNWLSSYV PGNHLDQRQP KVTYSDFVNK ELILFSMADL 0701: QRSIPSMVDG LKPGQRKILF VAFKKIARKE MKVAQLVGYV SLLSAYHHGE QSLASAIIGM AQDYVGSNNI NLLLPNGQFG TRTSGGKDSA SARYIFTKLS 0801: PVTRILFPKD DDLLLDYLNE DGQRIEPTWY MPIIPTVLVN GAEGIGTGWS TFIPNYNPRE IVANVRRLLN GESMVPMDPW YRGFKGTIEK TASKEGGCTY 0901: TITGLYEEVD ETTIRITELP IRRWNDDYKN FLQSLKTDNG APFFQDVKAY NDEKSVDFDL ILSEENMLAA RQEGFLKKFK LTTTIATSNM HLFDKKGVIK 1001: KYVTPEQILE EFFDLRFEYY EKRKETVVKN MEIELLKLEN KARFILAVLS GEIIVNKRKK ADIVEDLRQK GFTPFPRKAE SVEAAIAGAV DDDAAEEPEE 1101: ILVDPESSSS YIPGSEYDYL LAMAIASLTI EKVEELLADR DKMIIAVADM KKTTPKSLWL SDLESLDKEL EKLDLKDAQV QQAIEAAQKK IRAKSGAAVK 1201: VKRQAPKKPA PKKTTKKASE SETTEASYSA MDTDNNVAEV VKPKARQGAK KKASESETTE ASHSAMDTDN NVAEVVKPKG RQGAKKKAPA AAKEVEEDEM 1301: LDLAQRLAQY NFGSAPADSS KTAETSKAIA VDDDDDDVVV EVAPVKKGGR KPAATKAAKP PAAPRKRGKQ TVASTEVLAI GVSPEKKVRK MRSSPFNKKS 1401: SSVMSRLADN KEEESSENVA GNSSSEKSGG DVSAISRPQR ANRRKMTYVL SDSESESAND SEFDDIEDDE DDE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)