AT3G22630.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 20S proteasome beta subunit D1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes 20S proteasome beta subunit PBD1 (PBD1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
20S proteasome beta subunit D1 (PBD1); FUNCTIONS IN: peptidase activity, endopeptidase activity, threonine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: proteasome core complex, proteasome complex, apoplast, plasma membrane, vacuole; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Proteasome, beta-type subunit, conserved site (InterPro:IPR016050), Proteasome, subunit alpha/beta (InterPro:IPR001353); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 20S proteasome beta subunit D2 (TAIR:AT4G14800.1); Has 4110 Blast hits to 4110 proteins in 452 species: Archae - 623; Bacteria - 60; Metazoa - 1340; Fungi - 964; Plants - 536; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 587 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:8009709..8010774 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22541.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 204 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MECVFGLVGN GFAIVAADTS AVHSILLHKN NEDKIMVLDS HKLVAASGEP GDRVQFTEYV QKNVSLYKFR NGIPLTTAAA ANFTRGELAT ALRKNPYSVN 101: ILMAGYDDES GASLYYIDYI ATLHKVDKGA FGYGSYFSLS TMDRHYRSDM SVEEAIELVD KCILEIRSRL VVAPPNFVIK IVDKDGARDY AWRQSVKDVT 201: TAVV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)