AT3G22320.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Eukaryotic rpb5 RNA polymerase subunit family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Non-catalytic subunit common to DNA-dependent RNA polymerases I, II, III and IV; homologous to budding yeast RPB5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NRPB5; FUNCTIONS IN: DNA-directed RNA polymerase activity, DNA binding; INVOLVED IN: transcription; LOCATED IN: DNA-directed RNA polymerase II, core complex, DNA-directed RNA polymerase IV complex; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA polymerase, Rpb5, N-terminal (InterPro:IPR005571), RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal (InterPro:IPR000783), DNA-directed RNA polymerase, RPB5 subunit (InterPro:IPR014381), RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site (InterPro:IPR020608); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA polymerase II fifth largest subunit, C (TAIR:AT5G57980.1); Has 1046 Blast hits to 1046 proteins in 368 species: Archae - 260; Bacteria - 0; Metazoa - 162; Fungi - 216; Plants - 118; Viruses - 20; Other Eukaryotes - 270 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:7891045..7892094 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24302.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 205 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLTEEELKRL YRIQKTLMQM LRDRGYFIAD SELTMTKQQF IRKHGDNMKR EDLVTLKAKR NDNSDQLYIF FPDEAKVGVK TMKMYTNRMK SENVFRAILV 101: VQQNLTPFAR TCISEISSKF HLEVFQEAEM LVNIKEHVLV PEHQVLTTEE KKTLLERYTV KETQLPRIQV TDPIARYFGL KRGQVVKIIR PSETAGRYVT 201: YRYVV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)