AT3G22110.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : 20S proteasome alpha subunit C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the alpha-3 subunit of 20s proteasome. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
20S proteasome alpha subunit C1 (PAC1); FUNCTIONS IN: peptidase activity, endopeptidase activity, threonine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion, ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: proteasome core complex, proteasome complex, cytosolic ribosome, vacuole; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Proteasome, alpha-subunit, conserved site (InterPro:IPR000426), Proteasome, subunit alpha/beta (InterPro:IPR001353); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases) superfamily protein (TAIR:AT4G15165.1); Has 7432 Blast hits to 7428 proteins in 553 species: Archae - 896; Bacteria - 261; Metazoa - 2465; Fungi - 1789; Plants - 945; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1076 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:7792819..7793571 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27476.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 250 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSRRYDSRTT IFSPEGRLYQ VEYAMEAIGN AGSAIGILSK DGVVLIGEKK VTSKLLQTST SAEKMYKIDD HVACAVAGIM SDANILINTA RVQAQRYTFM 101: YQEPMPVEQL VQSLCDTKQG YTQFGGLRPF GVSFLFAGWD KHHGFQLYMS DPSGNYGGWK AAAVGANNQA AQSILKQDYK DDATREEAVE LALKVLTKTM 201: DSTSLTSEKL ELAEVYLTPS KTVKYHVHSP ESLTKLLVKH GVTQPAAETS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)