AT3G21470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.638 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT3G29230.1); Has 44286 Blast hits to 14135 proteins in 254 species: Archae - 0; Bacteria - 16; Metazoa - 240; Fungi - 183; Plants - 43075; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 772 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:7563503..7565074 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58230.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 523 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNLEEHLSLG EFHVSNLIKN HISRGSPIQA LVLYGGIRRR GVYFPGWVPL ILRACACVVP RVVLGKLLHS ESIKFGVCSD VMVGSSLISM YGKCGCVVSA 101: RKVFDEMPER NVATWNAMIG GYMSNGDAVL ASGLFEEISV CRNTVTWIEM IKGYGKRIEI EKARELFERM PFELKNVKAW SVMLGVYVNN RKMEDARKFF 201: EDIPEKNAFV WSLMMSGYFR IGDVHEARAI FYRVFARDLV IWNTLIAGYA QNGYSDDAID AFFNMQGEGY EPDAVTVSSI LSACAQSGRL DVGREVHSLI 301: NHRGIELNQF VSNALIDMYA KCGDLENATS VFESISVRSV ACCNSMISCL AIHGKGKEAL EMFSTMESLD LKPDEITFIA VLTACVHGGF LMEGLKIFSE 401: MKTQDVKPNV KHFGCLIHLL GRSGKLKEAY RLVKEMHVKP NDTVLGALLG ACKVHMDTEM AEQVMKIIET AGSITNSYSE NHLASISNLY AHTERWQTAE 501: ALRVEMEKRG LEKSPGLSSL VLT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)