AT3G21090.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ABC-2 type transporter family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ABC-2 type transporter family protein; FUNCTIONS IN: ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances; INVOLVED IN: response to karrikin; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC-2 type transporter (InterPro:IPR013525), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ABC-2 type transporter family protein (TAIR:AT1G51500.1); Has 380370 Blast hits to 349027 proteins in 4089 species: Archae - 6846; Bacteria - 303738; Metazoa - 8409; Fungi - 6671; Plants - 5430; Viruses - 12; Other Eukaryotes - 49264 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:7391497..7394933 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 77241.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 691 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MELEGSSSGR RQLPSKLEMS RGAYLAWEDL TVVIPNFSDG PTRRLLQRLN GYAEPGRIMA IMGPSGSGKS TLLDSLAGRL ARNVVMTGNL LLNGKKARLD 101: YGLVAYVTQE DVLLGTLTVR ETITYSAHLR LPSDMSKEEV SDIVEGTIME LGLQDCSDRV IGNWHARGVS GGERKRVSIA LEILTRPQIL FLDEPTSGLD 201: SASAFFVIQA LRNIARDGRT VISSVHQPSS EVFALFDDLF LLSSGESVYF GEAKSAVEFF AESGFPCPKK RNPSDHFLRC INSDFDTVTA TLKGSQRIQE 301: TPATSDPLMN LATSVIKARL VENYKRSKYA KSAKSRIREL SNIEGLEMEI RKGSEATWWK QLRTLTARSF INMCRDVGYY WTRIISYIVV SISVGTIFYD 401: VGYSYTSILA RVSCGGFITG FMTFMSIGGF PSFLEEMKVF YKERLSGYYG VSVYILSNYI SSFPFLVAIS VITGTITYNL VKFRPGFSHY AFFCLNIFFS 501: VSVIESLMMV VASVVPNFLM GLITGAGLIG IIMMTSGFFR LLPDLPKIFW RYPVSYISYG SWAIQGGYKN DFLGLEFEPL FPGEPKMTGE EVIEKVFGVK 601: VTYSKWWDLA AVVAILVCYR LLFFVVLKLR ERAGPALKAI QAKRTMRNLD RRPSFKRMPS LSLSLSSMSS RRHQPLRSLS SQEGLNSPIH Y |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)