AT3G20810.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor jumonji/aspartyl beta-hydroxylase (InterPro:IPR003347); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein (TAIR:AT5G19840.2); Has 1946 Blast hits to 1923 proteins in 341 species: Archae - 0; Bacteria - 483; Metazoa - 767; Fungi - 226; Plants - 240; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 227 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:7275814..7278144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46819.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 418 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSGATTASSG DHNNLRLPTP TLDAESQTLL QSISAEGGYA YARMAVLAVA GDQSAAEAAR DMAWEQLHSG PWHSVLPVWR DAYSMACLHV AKIHFAAGEF 101: GEALGALDMG LIMGGMLLRK DLHDSVLLVS SEARKMTKSL EEASGDFKGE RLVPEVPVDV NEVLKILPCR SLTCKRVEKR SGLSLEGFLR DYYLPGTPVV 201: ITNSMAHWPA RTKWNHLDYL NAVAGNRTVP VEVGKNYLCS DWKQELVTFS KFLERMRTNK SSPMEPTYLA QHPLFDQINE LRDDICIPDY CFVGGGELQS 301: LNAWFGPAGT VTPLHHDPHH NILAQVVGKK YIRLYPSFLQ DELYPYSETM LCNSSQVDLD NIDETEFPKA MELEFMDCIL EEGEMLYIPP KWWHYVRSLT 401: MSLSVSFWWS NEAESSSS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)