AT3G20510.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Transmembrane proteins 14C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Transmembrane proteins 14C; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Uncharacterised protein family UPF0136, Transmembrane (InterPro:IPR005349); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transmembrane proteins 14C (TAIR:AT1G50740.1); Has 449 Blast hits to 449 proteins in 111 species: Archae - 0; Bacteria - 35; Metazoa - 208; Fungi - 10; Plants - 185; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 11 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:7160884..7161991 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 12511.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 119 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MHDFCFTIPY GMLLIGGGFI GYMKKGSITS FAGGAGTGLL LILAGYISLK AFEKKKNSTI AMVLQTVIAA ALTLVMGQRY LLTGKIMPAG LVAGISALMT 101: CFYVYKIATG GNKFPAKAE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)