AT3G20390.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : endoribonuclease L-PSP family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
endoribonuclease L-PSP family protein; FUNCTIONS IN: endoribonuclease activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion; LOCATED IN: thylakoid, mitochondrion, chloroplast, plastid, vacuole; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Endoribonuclease L-PSP (InterPro:IPR006175), YjgF-like protein, conserved site (InterPro:IPR019897), Endoribonuclease L-PSP/chorismate mutase-like (InterPro:IPR013813), YjgF-like protein (InterPro:IPR006056); Has 9982 Blast hits to 9763 proteins in 2269 species: Archae - 153; Bacteria - 7551; Metazoa - 243; Fungi - 414; Plants - 68; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1553 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:7110227..7111695 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 19816.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 187 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTWSVFRSIN TPTLDLSTAL RSTRTPLVAA GVGCATFAGV SLFRMSSRSP PFASLSVSAS SVKKEVVSTE KAPAALGPYS QAIKANNLVF LSGVLGLIPE 101: TGKFVSESVE DQTEQVLKNM GEILKASGAD YSSVVKTTIM LADLADFKTV NEIYAKYFPA PSPARSTYQV AALPLNAKIE IECIATL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)