AT3G20210.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 ASURE: vacuole What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : delta vacuolar processing enzyme | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a vacuolar processing enzyme with caspase-1-like activity that is specifically expressed in inner integument of developing seeds. Mutants display abnormal seed coat development. It is speculated to be involved in cell death of limited cell layers, the purpose of which is to form a seed coat. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
delta vacuolar processing enzyme (DELTA-VPE); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C13, legumain (InterPro:IPR001096); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: gamma vacuolar processing enzyme (TAIR:AT4G32940.1); Has 783 Blast hits to 781 proteins in 238 species: Archae - 4; Bacteria - 12; Metazoa - 279; Fungi - 115; Plants - 249; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 124 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:7052482..7054525 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52087.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 466 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSPLGHFQI LVFLHALLIF SAESRKTQLL NDNDVESSDK SAKGTRWAVL VAGSNEYYNY RHQADICHAY QILRKGGLKD ENIIVFMYDD IAFSSENPRP 101: GVIINKPDGE DVYKGVPKDY TKEAVNVQNF YNVLLGNESG VTGGNGKVVK SGPNDNIFIY YADHGAPGLI AMPTGDEVMA KDFNEVLEKM HKRKKYNKMV 201: IYVEACESGS MFEGILKKNL NIYAVTAANS KESSWGVYCP ESYPPPPSEI GTCLGDTFSI SWLEDSDLHD MSKETLEQQY HVVKRRVGSD VPETSHVCRF 301: GTEKMLKDYL SSYIGRNPEN DNFTFTESFS SPISNSGLVN PRDIPLLYLQ RKIQKAPMGS LESKEAQKKL LDEKNHRKQI DQSITDILRL SVKQTNVLNL 401: LTSTRTTGQP LVDDWDCFKT LVNSFKNHCG ATVHYGLKYT GALANICNMG VDVKQTVSAI EQACSM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)