AT3G19840.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : pre-mRNA-processing protein 40C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Binds the carboxyl-terminal domain (CTD) of the largest subunit of RNA polymerase II and functions as a scaffold for RNA processing machineries. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pre-mRNA-processing protein 40C (PRP40C); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FF domain (InterPro:IPR002713), WW/Rsp5/WWP (InterPro:IPR001202); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pre-mRNA-processing protein 40A (TAIR:AT1G44910.2); Has 7513 Blast hits to 5748 proteins in 436 species: Archae - 33; Bacteria - 336; Metazoa - 3654; Fungi - 967; Plants - 481; Viruses - 7; Other Eukaryotes - 2035 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:6891228..6897227 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 92811.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 835 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEGENTTDPP YTTAASSGQS IFVRPPPIAP VLATTSNFSQ SELKELHSMS IASTGFVSQS VPYSVTAQWG TNAAASSNVN PIPQASPMLA NAPFGRPGTL 101: APPGLMTSPP AFPGSNPFST TPRPGMSAGP AQMNPGIHPH MYPPYHSLPG TPQGMWLQPP SMGGIPRAPF LSHPTTFPGS YPFPVRGISP NLPYSGSHPL 201: GASPMGSVGN VHALPGRQPD ISPGRKTEEL SGIDDRAGSQ LVGNRLDAWT AHKSEAGVLY YYNSVTGQST YEKPPGFGGE PDKVPVQPIP VSMESLPGTD 301: WALVSTNDGK KYYYNNKTKV SSWQIPAEVK DFGKKLEERA MESVASVPSA DLTEKGSDLT SLSAPAISNG GRDAASLKTT NFGSSALDLV KKKLHDSGMP 401: VSSTITSEAN SGKTTEVTPS GESGNSTGKV KDAPGAGALS DSSSDSEDED SGPSKEECSK QFKEMLKERG IAPFSKWEKE LPKIIFDPRF KAIPSHSVRR 501: SLFEQYVKTR AEEERREKRA AHKAAIEGFR QLLDDASTDI DQHTDYRAFK KKWGNDLRFE AIERKEREGL LNERVLSLKR SAEQKAQEIR AAAASDFKTM 601: LREREISINS HWSKVKDSLR NEPRYRSVAH EDREVFYYEY IAELKAAQRG DDHEMKARDE EDKLRERERE LRKRKEREVQ EVERVRQKIR RKEASSSYQA 701: LLVEKIRDPE ASWTESKPIL ERDPQKRASN PDLEPADKEK LFRDHVKSLY ERCVHDFKAL LAEALSSEAA TLQTEDGKTA LNSWSTAKQV LKPDIRYSKM 801: PRQDREVVWR RYVEDISRKQ RHENYQEEKQ RDYKT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)