AT3G18190.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TCP-1/cpn60 chaperonin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
TCP-1/cpn60 chaperonin family protein; FUNCTIONS IN: unfolded protein binding, ATP binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chaperonin Cpn60/TCP-1 (InterPro:IPR002423), Chaperone, tailless complex polypeptide 1 (InterPro:IPR017998), Chaperonin TCP-1, conserved site (InterPro:IPR002194), T-complex protein 1, delta subunit (InterPro:IPR012717); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TCP-1/cpn60 chaperonin family protein (TAIR:AT1G24510.1); Has 19273 Blast hits to 19203 proteins in 3973 species: Archae - 808; Bacteria - 9512; Metazoa - 2051; Fungi - 1477; Plants - 841; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 4582 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:6232226..6233836 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57778.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 536 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAVAAPMAS KPRGSKAESF VDNKRREDIR FANINSARAV SDAVRTSLGP KGMDKMISTA NGEVIITNDG ATILNKMEVL QPAAKMLVEL SKSQDSAAGD 101: GTTTVVVIAG ALLKECQSLL TNGIHPTVIS DSLHKACGKA IDILTAMAVP VELTDRDSLV KSASTSLNSK VVSQYSTLLA PLAVDAVLSV IDPEKPEIVD 201: LRDIKIVKKL GGTVDDTHTV KGLVFDKKVS RAAGGPTRVE NAKIAVIQFQ ISPPKTDIEQ SIVVSDYTQM DRILKEERNY ILGMIKKIKA TGCNVLLIQK 301: SILRDAVTDL SLHYLAKAKI MVIKDVERDE IEFVTKTLNC LPIANIEHFR AEKLGHADLV EEASLGDGKI LKITGIKDMG RTTSVLVRGS NQLVLDEAER 401: SLHDALCVVR CLVSKRFLIA GGGAPEIELS RQLGAWAKVL HGMEGYCVKS FAEALEVIPY TLAENAGLNP IAIVTELRNK HAQGEINAGI NVRKGQITNI 501: LEENVVQPLL VSTSAITLAT ECVRMILKID DIVTVR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)