AT3G16730.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Non-SMC condensin II complex, subunit H2-like (InterPro:IPR009378); Has 249 Blast hits to 211 proteins in 82 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 145; Fungi - 8; Plants - 30; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 66 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:5695633..5698863 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 75868.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 683 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTSHGGGEVR GERIHTVQPE RDLVANWEVD LSEKLEEYLL KICSGEITGN EEDGQIPVNF AEAALLLQGS VQVYSKKVEY LYNLVLRTLE FLSKQRDQEQ 101: SKGTSNENEA SSSRQVDEEE NDLFWNVDDI PVDTKNRLDS SVGGDTCPSQ FVKPPANLVV LEGDCLDTSG DGGELESYLL ATTHLYRDFI LLDPCDAVAV 201: NEFLGDNYGG KGRNSAHRGS SVRKSFHSSV GRSGGSARKS SVGKNQGTNV HLSPICGNGP NDQNCDQGSQ PPVFEDNDHG FDMDNEYGGA MDFSDTDADE 301: DDPWKPLNPY EPGKLKVKPF KKVKILKKIG WSITKDHMTS MFPLARPNGP ISSELIEIWK MHGCASKDEQ ASQDIPYYEK LREMLVNGGN QPCGANGNYN 401: DNDKDNHDEA NNGDFHDFGE HDGDDAEHPF MDEDVLNMND GGAAEFHNYD GFENGESNCQ ESLEDLCRSH LDALLANIAK SEKQTDLAAR VSTWKQKIEQ 501: NLEEQELHPP FDIQEYGDRI INKLTVEESG NVETFTDLMK DQEKHEVARA FSALLQLVNN GDVDLEKPGN STNEPMCYTA VKPFSVRLLK VHNRKNEKRG 601: IHLPQKRAKS PITKGKSHES PPPKKRNTCS VSSQTRKVSL KISKINGVGV RCTPNSKKRR KGRSDDVTEV TEVASIEKSL GKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)