AT3G16460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Mannose-binding lectin superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Mannose-binding lectin superfamily protein; FUNCTIONS IN: copper ion binding; INVOLVED IN: response to cold; LOCATED IN: cytosol, nucleus, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mannose-binding lectin (InterPro:IPR001229); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: myrosinase-binding protein 1 (TAIR:AT1G52040.1); Has 154784 Blast hits to 42550 proteins in 2542 species: Archae - 433; Bacteria - 67678; Metazoa - 26922; Fungi - 9328; Plants - 12326; Viruses - 2371; Other Eukaryotes - 35726 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:5593029..5595522 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 72477.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 705 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSWDDGSHAK VKKVQLTFDE IIYSIQVTYD GATALQSQLR GSVGPKSAEF TLAPDEYITA LSAYGKSLST QEVITALTFT TNKTSYGPYG TKSGFQISAP 101: EATGKQISGF LGTSGNVLNT IDVHYSPIPT GGTGTGGTGT GTGTGTGTGT GTGTGTGTGT GTGTGTGGTG TGTGTGTGGT GTGTGTGGTG TGTGTGTGTG 201: TGTGTGTGTG TGGTGTGTGT GGTGTGTGTG TGTGTGTGGT GTGTGTGTGS GAQKLEAQGN STGGTSWDDG SDYDGVTKIY ASYGGEGIQY VKFDYVKGGV 301: TKQGVLHGKQ QSRQNPREFV INHPDEYLVS VEGWYETVML GIQFKTNLNT YEVSIYPFEP STDTKFTLQV QDKKIIGFHG FAGNHVNSIG AYFVPKSSTT 401: PVPSTPLKLT AEGGETGAVW DDGSHDDVKK VYVGQGQDGV AAVKFEYKNG SQVVFGDERG TRTLLGFEEF ELESDEYITS VEGYYEKNFG VDTVVTTLIF 501: KTSKNKTAGP FGIVSGTKFE FKKEGYKITG FHGRAGEYVN AIGAYLAPSG TTPLTPATQS QKLEGAGSEA GTLWDDGAFD GVRKVSVGQA QDGIGAVSFV 601: YDKAGQVVEG KEHGKPTLLG FEEFELDYPS EYITAVDGTY DAIFGNEPIV NMLRFTTNKR VSIPFGIGAG TAFEFKKDGQ KIVGFHGRAG DLLHKFGVHV 701: APITK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)