AT3G16450.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.997 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Mannose-binding lectin superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Mannose-binding lectin superfamily protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to zinc ion, response to cold; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 6 plant structures; EXPRESSED DURING: LP.04 four leaves visible, seedling growth; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mannose-binding lectin (InterPro:IPR001229); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: myrosinase-binding protein-like protein-300B (TAIR:AT3G16440.1); Has 1665 Blast hits to 784 proteins in 42 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 0; Fungi - 2; Plants - 1654; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 7 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:5588593..5589792 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32024.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 300 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAQKVEAGGG AGGASWDDGV HDGVRKVHVG QGQDGVSSIN VVYAKDSQDV EGGEHGKKTL LGFETFEVDA DDYIVAVQVT YDNVFGQDSD IITSITFNTF 101: KGKTSPPYGL ETQKKFVLKD KNGGKLVGFH GRAGEALYAL GAYFATTTTP VTPAKKLSAI GGDEGTAWDD GAYDGVKKVY VGQGQDGISA VKFEYNKGAE 201: NIVGGEHGKP TLLGFEEFEI DYPSEYITAV EGTYDKIFGS DGLIITMLRF KTNKQTSAPF GLEAGTAFEL KEEGHKIVGF HGKASELLHQ FGVHVMPLTN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)