AT3G16170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.795 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AMP-dependent synthetase and ligase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
AMP-dependent synthetase and ligase family protein; FUNCTIONS IN: catalytic activity, AMP binding; INVOLVED IN: metabolic process; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: AMP-binding, conserved site (InterPro:IPR020845), AMP-dependent synthetase/ligase (InterPro:IPR000873); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AMP-dependent synthetase and ligase family protein (TAIR:AT3G48990.1); Has 81919 Blast hits to 74550 proteins in 3809 species: Archae - 1169; Bacteria - 53765; Metazoa - 3235; Fungi - 4485; Plants - 2227; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 17037 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:5476490..5480128 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60065.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 544 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEVFKAAFSE ASNSCDRIAI KADGKSYSYG QLTSSALRIS KLFLKDDTTN GGQETKKYEG FGSLKGARIG IVAKPSAEFV AGVLGTWFSG GVAVPLALSY 101: PEAELLHVMN DSDISLLLST EDHSETMKTI AAKSGARFHL IPPVVNSTSE TVACNQFQDD SFEAEGKFLD DPALIVYTSG TTGKPKGVVH THNSINSQVR 201: MLTEAWEYTS ADHFLHCLPL HHVHGLFNAL FAPLYARSLV EFLPKFSVSG IWRRWRESYP VNDEKTNDSI TVFTGVPTMY TRLIQGYEAM DKEMQDSSAF 301: AARKLRLMMS GSSALPRPVM HQWESITGHR LLERYGMTEF VMAMSNPLRG ARNAGTVGKP LPGVEAKIKE DENDANGVGE ICVKSPSLFK EYWNLPEVTK 401: ESFTEDGYFK TGDAGRVDED GYYVILGRNS ADIMKVGGYK LSALEIESTL LEHPTVAECC VLGLTDNDYG EAVTAIIIAE SAAKKRREDE SKPVITLEEL 501: CGWAKDKLAP YKLPTRLLIW ESLPRNAMGK VNKKELKKSL ENQE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)