AT3G15140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.977 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: exonuclease activity; LOCATED IN: intracellular, chloroplast; EXPRESSED IN: 14 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III (InterPro:IPR013520); Has 576 Blast hits to 576 proteins in 123 species: Archae - 0; Bacteria - 44; Metazoa - 336; Fungi - 16; Plants - 80; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 100 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:5099712..5101717 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38672.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 337 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASAFSAFRV SLSRISPFRD TRFSYPATLA LAHTKRIMCN SSHSVSPSPS PSDFSSSSSS SSSSPSTFSL METSENARWR PMCLYYTHGK CTKMDDPAHL 101: EIFNHDCSKE LRVAAADLER KKSQEFNFFL VIDLEGKVEI LEFPILIVDA KTMEVVDLFH RFVRPTKMSE QAINKYIEGK YGELGVDRVW HDTAIPFKQV 201: VEEFEVWLAE HDLWDKDTDW GLNDAAFVTC GNWDIKTKIP EQCVVSNINL PPYFMEWINL KDVYLNFYGR EARGMVSMMR QCGIKLMGSH HLGIDDTKNI 301: TRVVQRMLSE GAVLKLTARR SKSNMRNVEF LFKNRIK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)