AT3G14790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : rhamnose biosynthesis 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
rhamnose biosynthesis 3 (RHM3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD-dependent epimerase/dehydratase (InterPro:IPR001509), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), dTDP-4-dehydrorhamnose reductase (InterPro:IPR005913); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein (TAIR:AT1G53500.1); Has 53605 Blast hits to 53390 proteins in 3033 species: Archae - 947; Bacteria - 30692; Metazoa - 1095; Fungi - 569; Plants - 1514; Viruses - 102; Other Eukaryotes - 18686 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:4964791..4966875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 74918.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 664 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATYKPKNIL ITGAAGFIAS HVANRLVRSY PDYKIVVLDK LDYCSNLKNL NPSKSSPNFK FVKGDIASAD LVNYLLITEE IDTIMHFAAQ THVDNSFGNS 101: FEFTKNNIYG THVLLEACKV TGQIRRFIHV STDEVYGETD EDASVGNHEA SQLLPTNPYS ATKAGAEMLV MAYGRSYGLP VITTRGNNVY GPNQFPEKLI 201: PKFILLAMNG KPLPIHGDGS NVRSYLYCED VAEAFEVVLH KGEVNHVYNI GTTRERRVID VANDISKLFG IDPDSTIQYV ENRPFNDQRY FLDDQKLKKL 301: GWCERTNWEE GLRKTMEWYT ENPEWWGDVS GALLPHPRML MMPGDRHSDG SDEHKNADGN QTFTVVTPTK AGCSGDKRSL KFLIYGKTGW LGGLLGKLCE 401: KQGIPYEYGK GRLEDRASLI ADIRSIKPSH VFNAAGLTGR PNVDWCESHK TETIRVNVAG TLTLADVCRE NDLLMMNFAT GCIFEYDAAH PEGSGIGFKE 501: EDKPNFTGSF YSKTKAMVEE LLREFDNVCT LRVRMPISSD LNNPRNFITK ISRYNKVVNI PNSMTILDEL LPISIEMAKR NLRGIWNFTN PGVVSHNEIL 601: EMYKSYIEPD FKWSNFNLEE QAKVIVAPRS NNEMDGAKLS KEFPEMLSIK DSLIKYVFEP NKRT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)