AT3G14310.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pectin methylesterase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a pectin methylesterase, targeted by a cellulose binding protein (CBP) from the parasitic nematode Heterodera schachtii during parasitism. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pectin methylesterase 3 (PME3); FUNCTIONS IN: pectinesterase activity; INVOLVED IN: response to nematode; LOCATED IN: cell wall, apoplast, plasma membrane, cytoplasm; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectinesterase, active site (InterPro:IPR018040), Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectinesterase, catalytic (InterPro:IPR000070), Pectinesterase inhibitor (InterPro:IPR006501), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pectin methylesterase 2 (TAIR:AT1G53830.1); Has 3052 Blast hits to 2982 proteins in 347 species: Archae - 6; Bacteria - 639; Metazoa - 1; Fungi - 199; Plants - 2181; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 26 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4772214..4775095 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64259.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 592 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPSMKEIFS KDNFKKNKKL VLLSAAVALL FVAAVAGISA GASKANEKRT LSPSSHAVLR SSCSSTRYPE LCISAVVTAG GVELTSQKDV IEASVNLTIT 101: AVEHNYFTVK KLIKKRKGLT PREKTALHDC LETIDETLDE LHETVEDLHL YPTKKTLREH AGDLKTLISS AITNQETCLD GFSHDDADKQ VRKALLKGQI 201: HVEHMCSNAL AMIKNMTDTD IANFEQKAKI TSNNRKLKEE NQETTVAVDI AGAGELDSEG WPTWLSAGDR RLLQGSGVKA DATVAADGSG TFKTVAAAVA 301: AAPENSNKRY VIHIKAGVYR ENVEVAKKKK NIMFMGDGRT RTIITGSRNV VDGSTTFHSA TVAAVGERFL ARDITFQNTA GPSKHQAVAL RVGSDFSAFY 401: NCDMLAYQDT LYVHSNRQFF VKCLIAGTVD FIFGNAAVVL QDCDIHARRP NSGQKNMVTA QGRTDPNQNT GIVIQKCRIG ATSDLQSVKG SFPTYLGRPW 501: KEYSQTVIMQ SAISDVIRPE GWSEWTGTFA LNTLTYREYS NTGAGAGTAN RVKWRGFKVI TAAAEAQKYT AGQFIGGGGW LSSTGFPFSL GL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)