AT3G14300.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : pectinesterase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
ATPMEPCRC; FUNCTIONS IN: pectinesterase activity; INVOLVED IN: cell wall modification; LOCATED IN: cell wall; EXPRESSED IN: flower; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectinesterase, active site (InterPro:IPR018040), Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectinesterase, catalytic (InterPro:IPR000070), Pectinesterase inhibitor (InterPro:IPR006501), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pectin methylesterase 1 (TAIR:AT1G53840.1); Has 4699 Blast hits to 3111 proteins in 352 species: Archae - 11; Bacteria - 646; Metazoa - 6; Fungi - 210; Plants - 3801; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 25 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4766905..4769898 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 105634.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 8.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 968 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDTVKSINKG YGKVDETQDL ALKRKTRKRL YQIGISVAVL VAIIISSTVT IAIHSRKGNS PHPTPSSVPE LTPAASLKTV CSVTNYPVSC FSSISKLPLS 101: NTTDPEVIFR LSLQVVIDEL NSIVELPKKL AEETDDEGLK SALSVCEHLL DLAIDRVNET VSAMEVVDGK KILNAATIDD LLTWLSAAVT YHGTCLDALD 201: EISHTNSAIP LKLKSGMVNS TEFTSNSLAI VAKILSTISD FGIPIHGRRL LNSSPHATPI SVPKLTPAAS LRNVCSVTRY PASCVSSISK LPSSNTTDPE 301: ALFRLSLQVV INELNSIAGL PKKLAEETDD ERLKSSLSVC GDVFNDAIDI VNDTISTMEE VGDGKKILKS STIDEIQTWL SAAVTDHDTC LDALDELSQN 401: KTEYANSPIS LKLKSAMVNS RKFTSNSLAI IAKFPIHERH GVQSPRLRKS PHPTPSSVLR TVCNVTNYPA SCISSISKLP LSKTTTDPKV LFRLSLQVTF 501: DELNSIVGLP KKLAEETNDE GLKSALSVCA DVFDLAVDSV NDTISSLDEV ISGGKKNLNS STIGDLITWL SSAVTDIGTC GDTLDEDNYN SPIPQKLKSA 601: MVNSTEFTSN SLAIVAQVLK KPSKSRIPVQ GRRLLNSNSF PNWVRPGVRR LLQAKNLTPH VTVAADGSGD VRTVNEAVWR VPKKGKTMFV IYVKAGTYVE 701: NVLMKKDKWN VFIYGDGRDK TIISGSTNMV DGVRTFNTST FATEGKGFMM KDMGIINTAG PEKHQAVAFR SDSDRSVYYR CSFDGYQDTL YTHSNRQYYR 801: NCDVTGTVDF IFGAGTVVFQ GCSIRPRQPL PNQFNTITAE GTQEANQNTG ISIHQCTISP NGNVTATTYL GRPWKLFSKT VIMQSVIGSF VNPAGWIAWN 901: STYDPPPRTI FYREYKNSGP GSDLSKRVKW AGYKPISSDD EAARFTVKYF LRGDDNWIPK AVMGMPPL |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)