AT3G14230.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : related to AP2 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a member of the ERF (ethylene response factor) subfamily B-2 of ERF/AP2 transcription factor family (RAP2.2). The protein contains one AP2 domain. There are 5 members in this subfamily including RAP2.2 AND RAP2.12. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
related to AP2 2 (RAP2.2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding, integrase-type (InterPro:IPR016177), Pathogenesis-related transcriptional factor/ERF, DNA-binding (InterPro:IPR001471); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: related to AP2 12 (TAIR:AT1G53910.2); Has 6244 Blast hits to 5852 proteins in 259 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 6195; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 43 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4737616..4739000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42528.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 379 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MCGGAIISDF IPPPRSLRVT NEFIWPDLKN KVKASKKRSN KRSDFFDLDD DFEADFQGFK DDSAFDCEDD DDVFVNVKPF VFTATTKPVA SAFVSTGIYL 101: VGSAYAKKTV ESAEQAEKSS KRKRKNQYRG IRQRPWGKWA AEIRDPRKGS REWLGTFDTA EEAARAYDAA ARRIRGTKAK VNFPEEKNPS VVSQKRPSAK 201: TNNLQKSVAK PNKSVTLVQQ PTHLSQQYCN NSFDNSFGDM SFMEEKPQMY NNQFGLTNSF DAGGNNGYQY FSSDQGSNSF DCSEFGWSDH GPKTPEISSM 301: LVNNNEASFV EETNAAKKLK PNSDESDDLM AYLDNALWDT PLEVEAMLGA DAGAVTQEEE NPVELWSLDE INFMLEGDF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)