AT3G13960.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : growth-regulating factor 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Growth regulating factor encoding transcription activator. One of the nine members of a GRF gene family, containing nuclear targeting domain. Involved in leaf development and expressed in root, shoot and flower. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
growth-regulating factor 5 (GRF5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ (InterPro:IPR014978), WRC (InterPro:IPR014977); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: growth-regulating factor 2 (TAIR:AT4G37740.1); Has 2351 Blast hits to 1483 proteins in 168 species: Archae - 0; Bacteria - 108; Metazoa - 567; Fungi - 216; Plants - 548; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 908 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:4608526..4610160 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44697.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 397 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMSLSGSSGR TIGRPPFTPT QWEELEHQAL IYKYMVSGVP VPPELIFSIR RSLDTSLVSR LLPHQSLGWG CYQMGFGRKP DPEPGRCRRT DGKKWRCSRE 101: AYPDSKYCEK HMHRGRNRAR KSLDQNQTTT TPLTSPSLSF TNNNNPSPTL SSSSSSNSSS TTYSASSSSM DAYSNSNRFG LGGSSSNTRG YFNSHSLDYP 201: YPSTSPKQQQ QTLHHASALS LHQNTNSTSQ FNVLASATDH KDFRYFQGIG ERVGGVGERT FFPEASRSFQ DSPYHHHQQP LATVMNDPYH HCSTDHNKID 301: HHHTYSSSSS SQHLHHDHDH RQQQCFVLGA DMFNKPTRSV LANSSRQDQN QEEDEKDSSE SSKKSLHHFF GEDWAQNKNS SDSWLDLSSH SRLDTGS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)