AT3G13890.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : myb domain protein 26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative transcription factor (MYB26). Mutants produces fertile pollen but plants are sterile because anthers do not dehisce. The cellulosic secondary wall thickenings are not formed in the endothecium as they are in non-mutant plants. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
myb domain protein 26 (MYB26); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287), Myb transcription factor (InterPro:IPR015495); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: myb domain protein 103 (TAIR:AT1G63910.1); Has 8645 Blast hits to 8092 proteins in 471 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 730; Fungi - 412; Plants - 5794; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 1706 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4576744..4578027 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41578.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 367 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGHHSCCNKQ KVKRGLWSPE EDEKLINYIN SYGHGCWSSV PKHAGTYTHI HGFCLQRCGK SCRLRWINYL RPDLKRGSFS PQEAALIIEL HSILGNRWAQ 101: IAKHLPGRTD NEVKNFWNSS IKKKLMSHHH HGHHHHHLSS MASLLTNLPY HNGFNPTTVD DESSRFMSNI ITNTNPNFIT PSHLSLPSPH VMTPLMFPTS 201: REGDFKFLTT NNPNQSHHHD NNHYNNLDIL SPTPTINNHH QPSLSSCPHD NNLQWPALPD FPASTISGFQ ETLQDYDDAN KLNVFVTPFN DNAKKLLCGE 301: VLEGKVLSSS SPISQDHGLF LPTTYNFQMT STSDHQHHHR VDSYINHMII PSSSSSSPIS CGQYVIT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)